Müze, 1985 yılında Mexico City’deki Antropoloji Müzesi’nde yaşanan soygunu konu ediyor. 30’lu yaşlarında olan Juan ve Benjamin, hala okul hayatından kurtulamamıştır. Yıllardır devam ettikleri veterinerlik okulunu bitiremeyen ikili ailelerine bağımlı bir şekilde yaşamaya devam eder. Fakat bir Noel akşamı artık hayatta tek başlarına bir şeyler yapmaya karar verirler. İkilinin aklında ise Meksika’nın ünlü antropoloji müzesini yağmalama fikri vardır. Juan ve Wilson, buradaki değerli Mayan, Mixtec ve Zapotec eserlerini ve özellikle de Kral Pakal’ın cenaze maskesini çalmayı amaçlar. Aileleri Noel’i kutladığı sırada onlar tecrübeli suçlular gibi işlerinin başına geçer. Planları kusursuz olarak işler ve çantalarının değerli eşyalarla doldurarak kaçmayı başarırlar. Fakat her şey durulduğunda giriştikleri işin asıl öneminin ne olduğunu anlarlar. Gerçek olaylardan esinle yola çıkan ve tamamına yakını olayların yaşandığı gerçek mekanlarda çekilen Müze’nin yönetmen koltuğunda Alonso Ruizpalacio oturuyor. Senaryosunu yönetmen ile Manuel Alcala’nın birlikte kaleme aldığı filmin oyuncu kadrosunda Gael García Bernal, Leonardo Ortizgris, Alfredo Castro, Lisa Owen, Ilse Salas gibi isimler yer alıyor.